呼吸の反応は全部で3つあります。
細胞の中にグルコースが取り込まれると、呼吸の1番目の反応が起こります。
このように、糖を分解するような反応を、解糖系といいます。

細胞の外にあったグルコースが細胞に取り込まれると、解糖系によって分解されます。
そのとき、グルコースは特定の構造体へ移行するわけではありません。
解糖系は、細胞質基質にて行われます。

解糖系でグルコースが分解されると、水素とATPの他に有機物が生成します。
その有機物は、ピルビン酸です。
ピルビン酸は、呼吸の2番目の反応であるクエン酸回路で使われるのでしたね。
クエン酸回路は、ミトコンドリアの中のマトリクスで行われます。
そのため、ピルビン酸はミトコンドリアのマトリクスへと移行します。

解糖系でグルコースが分解されると、水素イオンが生成されます。
しかし、このときの水素イオンは、単独で存在しているわけではありません。
NAD⁺ という物質と結合し、NADH + H⁺というかたちで移行します。

さらに、この水素イオンは、呼吸の3番目の反応である水素伝達系（電子伝達系）にて使われます。
つまり、水素イオンは、ミトコンドリアの中の内膜に移動することになるのです。