クエン酸回路は、解糖系にて生成したピルビン酸が、ミトコンドリアで代謝される反応です。
ミトコンドリアへ移行されたピルビン酸は、ミトコンドリアの外膜と内膜を越えて内膜の内側へ取り込まれます。
ミトコンドリアの内膜の内側を、マトリクスといいます。
クエン酸回路は、マトリクスで起こる反応です。

クエン酸回路の化学反応式を思い出してください。
クエン酸回路において、水素が放出される化学反応は5つありました。

ピルビン酸から活性酢酸、クエン酸からα-ケトグルタル酸、α-ケトグルタル酸からコハク酸、リンゴ酸からオキサロ酢酸という4つの化学反応では、水素はNADH + H⁺ というかたちで放出されます。
一方、コハク酸からフマル酸へ変化する過程では、FADH₂ というかたちで水素が放出されます。

2molのピルビン酸がクエン酸回路に取り込まれた場合、NADH + H⁺やFADH₂は、それぞれ2molずつ放出されました。
よって、NADH + H⁺は8mol、FADH₂は2mol生じます。

2molのピルビン酸がクエン酸回路で反応した場合、2molのATPが合成されました。
よって、1molのピルビン酸が代謝されると、1molのATPが合成されます。
ATPが合成されるタイミングは、コハク酸からフマル酸になる過程であることも覚えておきましょう。